André Santini, président du conseil de surveillance, et Etienne Guyot, président du directoire, ont installé le 9 mars 2012 le comité stratégique de la Société du Grand Paris, troisième instance de gouvernance de l'établissement public, en charge d'émettre des avis et des propositions.
Lors de cette réunion, Jean-Yves Le Bouillonnec a été élu président du comité stratégique.Trois thématiques seront prioritairement étudiées par ce comité : la qualité de service dans le réseau, les gares et l'environnement des gares.