Il y a vingt ans, la ville de Nantes s'est interrogée sur l'avenir du Château des ducs de Bretagne, haut lieu du patrimoine nantais. Celui-ci n'avait pas fait l'objet de réfection depuis sa construction au XVe siècle. Il abritait en régie plusieurs musées municipaux conservant le passé local maritime, industriel et populaire. En 1990, la municipalité réfléchit à un projet ambitieux de valorisation. La rénovation du château fut décidée ainsi que la création d'un musée d'histoire du territoire. Le château ferma de 2003 à 2006 pour des travaux dont le budget global de 53 millions d'€ fut pris en charge à 54 % par la Ville de Nantes. Après analyse des différents modes de gestion adaptés aux enjeux de développement touristique international de la métropole, il fut choisi de créer une société d'économie mixte (Sem), à activités multiples.
En mars 2006, Nantes Culture & Patrimoine a été chargée, par DSP de la ville de Nantes, de l'exploitation et de la valorisation du château, rouvert en février 2007. Une partie de l'ancienne régie municipale, dont toute l'équipe de conservation, a été détachée vers la Sem. Lui ont ensuite été confiés en 2007 les deux cryptes de la cathédrale, les emblématiques Machines de l'Ile et le site réhabilité des chantiers navals. Enfin, la librairie du musée des Beaux-Arts.
Le Château des ducs de Bretagne est situé en cœur de ville. Depuis sa rénovation, il offre trois entrées qui en font un lieu de promenade privilégié, apprécié par 1 350 000 visiteurs en 2008, alors que le nouveau musée a accueilli 173 000 visiteurs. Le château fait désormais partie du Club des grands sites patrimoniaux, initié par la mission Val de Loire-Unesco, et dont font partie 18 monuments des bords de Loire comme Chambord, Chenonceau… L'accent a été particulièrement mis sur l'accueil des étrangers (les audioguides se déclinent en six langues, y compris le breton).
Avec un aménagement particulièrement adapté au public handicapé, le château a été récompensé par le ministère de la culture avec le prix « Musée pour tous 2008 ». Il est en passe de recevoir le label tourisme et handicap. Gratuit pour les moins de 18 ans, le musée d'histoire est ludique avec ses offres multimédias qui attirent le jeune public. Les liens avec le public scolaire sont particulièrement développés.